董卓十分残忍贪婪。刚入京时，董卓怂恿他的士卒，闯进私宅，奸淫妇女，掳掠财物，谓之“搜牢”，意即在牢固的地方搜寻珍贵的物品。董卓嗜杀成性，文武大臣语言行为稍有不慎即被处死。所以朝廷内外，既有朝不保夕之忧，也充溢着讨伐之声，
为了逃避讨伐锋芒，董卓决定挟持献帝迁都长安。献帝初平元年（190年），他发掘诸帝王及公卿的陵寝，搜尽其中珍宝，纵火焚烧洛阳，数百万官民被驱赶就道，离乡背井，拥往长安。洛阳，这个拥有200年历史的政治、经济、文化中心到处是残垣断瓦，周围200里内均成为一片焦土。董卓到长安后，仍然残暴杀戮和疯狂掠夺。他在离长安260里处的郿县修筑一座高厚各七丈，周围一里又一百步的宽大宫院，名曰郿坞，又叫万岁坞。选民间美女千人居其间，金玉珍宝，锦绣绮罗积聚无数，所积谷物可供30年食用。他自称：“事成，雄据天下；不成，守此可以毕老。”
董卓的强盗行径引起人们的义愤，天下群雄并起，讨伐董卓。董卓认为只要弘农王刘辩还活着，就给天下人留下一线希望。于是，他把刘辩安置在内宫阁中，派郎中令李儒给他送去毒酒。刘辩万般无奈，|qi|shu|wang|只得与夫人唐姬以及宫女们诀别，悲愤地饮下毒酒。这一年，他才18岁。
董卓多行不义，积怨甚多，许多人都在寻找机会除掉他。他自己也深知不得人心，时刻警惕防范，加上他的义子吕布武力超群，经常跟随在他的身边，所以人们对他很难下手。
初平三年（192年），司徒王允用离间计，挑拨吕布与董卓的关系，借吕布之手除掉了董卓。
董卓和吕布的反目成仇，是董卓被杀的关键因素，据史料和《三国演义》记载，这里有一个关键人物起到了决定性的作用，她就是历史上有名的四大美人之一貂禅。
关于貂蝉，《三国演义》上说，她有倾城之姿，原为司徒王允家的歌妓，为了帮助王允为国除奸，自愿用“连环计”离间董卓和吕布。最后借吕布之手，杀了董卓。貂蝉的美，素有“闭月”之称，她通过自己的姿色周旋在各派政治人物之间，倾倒了众多英雄豪杰，参与了许多重大的政治斗争，是一个举足轻重的角色。但是，这个美丽的女子是什么身份，至今还没有弄清楚。
歌妓说。根据是《三国演义》的描述，王允是汉献帝时的司徒，因不满于太师董卓的跋扈，一心想除之，但苦无良策，终日茶饭不思。他的心腹歌妓貂蝉窥知情由，表示“如有用妾之处，万死不辞”。于是王允精心设计了个“连环美人计”，先将貂蝉许给董卓义子吕布，未及迎娶又献于太师董卓，挑起董、吕两人的矛盾。使董、吕彼此恨之入骨，终于反目成仇，最后吕布杀董卓，夷其三族。貂蝉的出色表演，使王允的计划实施得天衣无缝，顺利地铲除了当时朝中一大祸害，后人叹曰：“司徒妙算托红裙，不用干戈不用兵。三战虎牢徒费力，凯歌却奏凤仪亭。”
婢女说。根据是《后汉书·吕布传》。董卓任吕布为骑都尉，非常信任他，于是收他为义子。有一次，吕布因小事得罪了董卓，董卓大怒之下持戟向吕布掷去，幸亏吕布及时避开，从此吕布对董卓暗怀怨愤。为了报复董卓，吕布趁机与他的侍婢貂蝉私通，又惟恐董卓识破，由此生出许多矛盾。
秦宜禄之妻说。《三国志·关羽传》中讲到，曹操与刘备围吕布于下邳，关羽向曹操请求说，城破之后，请把秦宜禄之妻赐我为妻。曹操同意了。后关羽又屡屡向曹操提及此事，曹操不由得好奇心起：“难道那秦宜禄之妻是一个美人儿，让关羽如此念念不忘?”于是，曹操在城破之日派人先将秦妻送入自己营帐，自己留下了。关羽没有得到秦妻，因此心里很不痛快。
此外，徽剧、川剧、绍剧、京剧都有《斩貂》剧目，写吕布在白门楼殒命后，其爱妾貂蝉为张飞所获，送至关羽处。关羽甚爱怜之，但念及古今英雄豪杰往往以迷恋女色而身败名裂，便逼令貂蝉自刎。
由于文人的渲染和演绎，貂蝉的来历越来越扑朔迷离。由于这些故事或多或少与史实有关，真真假假，更为难辨，以致历史上的貂蝉究竟是怎样一个人，就成为难解的悬案了。
董卓死讯传出，人心大快，士卒皆呼万岁，大街小巷，黎民百姓载歌载舞，长安城中士女欢呼雀跃，置酒相庆。董卓尸体放在街上示众，后被烧成灰烬。董卓死后，皇甫嵩攻郿坞，杀董曼，从郿坞中搜出藏金二三万斤，银八九万斤，锦绮奇玩珍宝堆积如山。
可以说，汉献帝登基之后还未来得及感谢董卓这个大恩人，一切就改变了，董卓控制了朝廷，也控制了他这个新皇帝。他不过是个空头的天子，是董卓举给各路诸侯看的一个招牌，不要说重整祖业，就连起码的尊严也不能保障。这时的献帝只能做一些手头的小事，然而这些小事反而说明了献帝绝非平庸之辈。兴平元年（194），天大旱，长安城内谷一斛值钱50万，人相食。献帝令侍御史侯汶开仓济民，但饿死者如旧，献帝怀疑侯汶作弊，于是亲自检验，证明发放中确有克扣现象，弄清了侯汶的假公济私，于是下诏杖责侯汶，从而使饥民切实受到赈济。
李、郭之乱：献帝乱中飘荡董卓的死，给献帝登上政治舞台一次绝好的机会。他命王允录尚书事，晋升吕布为奋威将军，二人共同主持朝政。
应该说，王允是个正直忠义、嫉恶如仇的人，但他缺乏政治经验，缺少对现实政治合理的思考与判断。诛除了董卓，他理应分化董卓余部，瓦解敌军，稳定民心，但他却不断打击，一味株连，当时百姓中流传说朝廷准备杀尽凉州人，这就使形势发生了变化。
董卓的部将李傕（jué）、郭汜等都是凉州人，他们曾派人到长安请求朝廷赦免，王允都没有同意。迫不得已，他们向长安进发，一路上收拾残兵，共达10余万人。
初平三年（192）五月，李傕、郭汜包围长安，吕布率兵扼守，彼此相持8天不下。后来吕布部下发生兵变，李傕等攻入城内。李傕、郭汜杀掉太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀及兵民死者万余人。吕布率残部，出武关，投奔袁术。王允被杀。
汉献帝又落入李傕、郭汜手中。李傕晋升为车骑校尉，郭汜为后将军，两人共掌朝政。兴平元年（194），献帝行加冕礼，改年号为兴平。
兴平二年（195），李傕、郭汜互相猜忌起来，最后兵刃相向，互相攻击。李傕为取得主动，先派侄子李暹（xiān）率数千人马胁迫汉献帝出宫，然后纵兵入宫，大肆抢劫。之后又放了一把火，把宫阙焚烧殆尽。献帝派太尉杨彪等几位大臣到郭营中调和，郭汜反而扣留了几位大臣。杨彪愤怒地说：“君臣共斗，一人劫天子，一人质公卿！”这些反映了社会的动乱，也可见献帝的遭遇，他不过是李、郭争斗的一种工具而已。
后来，杨定、杨奉、董承等护卫着献帝逃离李傕、郭汜的围追堵截，其间段煨（wēi）、张洛还曾想方设法劫走献帝。献帝经过千辛万苦，历时近半年，兴平二年（195）十二月逃到安邑，第二年七月，才回到洛阳。这时的洛阳，经董卓的毁灭性破坏，宫室烧尽，满目荆棘，人丁无多，一片荒凉。
汉献帝在李、郭之争中处于最为悲惨的境地之中。他不仅在政治上成为李、郭争斗的工具，而且在生活上也非常凄惨。有时饮食难以供应，群臣及侍从面有饥色。有一次，献帝便向李傕要五斗米、五具牛骨以解燃眉之急，居然遭李傕拒绝，最后好歹给了一点臭牛排，献帝虽然大怒，但也不能把李傕怎样。献帝使皇甫郦去说和二人，郭汜同意了，李傕坚决不答应，当皇甫郦向献帝复命说：“李傕不肯奉诏，词语不顺。”献帝连怒气都不敢有，而是“恐傕闻之，亟令郦去”。195年，李傕、郭汜表面和好以后，献帝使人晓喻郭汜，要驾幸弘农，郭汜偏不理睬，献帝无计可施，竟然悲愤得一整天不吃饭，以示抗议。献帝虽为一代之君，却迁徙留转于豪强之间，生命都难以保证，更不要说实现他的政治理想了。
曹操专权：献帝充当“天子”随着军阀混战的愈演愈烈，汉献帝的政治作用似乎越来越大了。建安元年（196），袁绍谋臣沮授曾劝说他，如果能“西迎大驾，挟天子而令诸侯”，就会收到没有谁“能御之”的功效。
而曹操更是早有此识。初平二年（191），曹操做东郡太守不久，皇室刘邈在献帝面前称赞曹操忠诚，曹操为此十分感激。初平三年（192），治中从事毛玠向他建议：
今天下分崩，乘舆播荡，生民流亡。公家无经岁之储，百姓无安固之志，难以持久。夫兵义者胜，守位以财，宜奉天子以令不臣，修耕植以蓄军资，如此则霸王之业可成也。
此言深得曹操之意。
献帝东迁后，曹操觉得机会来了，当时宫中食用困乏，曹操便经常向献帝进献食品和器物。献帝还在洛阳时，曹操就曾向他进献过缝帐2顶，丝线10斤，山阳郡所产的甜梨2箱，稗枣(一种青黑色的枣)2箱。献帝都许后，曹操更是经常进献，其中有桓帝时赐给他祖父曹腾的家藏器物，也有属下陆续搜寻到的一些宫中流失的器物。